Awal mula berdirinya MI Negeri 12 Jakarta Timur, tidak ubahnya seperti lembagalembaga pendidikan pada umumnya. Meski bukan lembaga pendidikan yang dananya selalu disubsidi oleh pemerintah, lambat laun sekolah ini menjadi pilihan favorit masyarakat Kelurahan
Cibubur Kecamatan Ciracas Kota Jakarta Timur.

Pada bulan Juli 1994 mayoritas warga Cibubur memasukkan anaknya yang umur 6 sampai 7 tahun. Akhirnya MIN 12 Jakarta Timur yang berlokasi di Jl. H. Abdurrahman, Blok Duku, Rt.002/ Rw. 010, Kelurahan Cibubur Kecamatan Ciracas, Jakarta Timur, Kode Pos 13720 MI Negeri 12 Jakarta yang berlokasi di Jl. H. Abdurrahman yang dulunya hanya tiga kelas (satu kelas 40 anak), Alhamdulillah tahun ini telah mencapai 572 siswa dengan jumlah 18 rombel, Pada awal
berdirinya MI Negeri 12 Jakarta jumlah guru hanya 3 orang. Alhamdulillah tahun ini guru dan karyawan MI Negeri 12 Jakarta sebanyak 32 orang.