Musholla Al Khoiriyah adalah musholla yang dimiliki oleh MIN 12 lokasinya di bagian depan berdekatan dengan pos security, dimana setiap siang hari siswa menuju ke musholla unruk melaksanakan kegiatan sholat berjama’ah.
Selain itu juga, mushollah memiliki kegiaatan rutin pengajian rutin orang tua murid yang dilaksanakan setiap 1 bulan sekali yang diselenggarakan oleh panitia yang berasal dari orang tua murid.
